Das Innere
Eine auffällige Erneuerung, die anlässlich der Renovation des Innenraumes im Sommer 2015 durchgeführt worden war, stellen die sechs neuen ringförmigen Deckenleuchten dar. Sie schweben wie grosse Heiligenscheine über den Besucherbänken und leuchten den Kirchenraum hell aus. Die zwölf Spotlampen, die in die Decke des Chorraums eingelassen sind, sollen an die zwölf Apostel erinnern. In deren Mitte befindet sich eine Taube als Symbol des Heiligen Geistes. Neu ist auch die indirekte Beleuchtung des grossen Holzkreuzes, das sich seit jeher an der hinteren Chorwand befindet.
Der Haupteingang der reformierten Kirche Möhlin befindet sich auf der Westseite. Gleich über dem Eingang befindet sich die Empore mit der Pfeifenorgel. Die Orgel mit 18 Registern stammt von der Firma Metzler und wurde 1971, also fast 25 Jahre nach der Einweihung der Kirche, angeschafft. So lange dauerte es, bis die Kirchgemeinde die nötigen finanziellen Mittel aufgetrieben hatte.
Der Chorbereich ist gegenüber dem übrigen Kirchenraum leicht erhöht. Die hölzerne überdachte Kanzel, der Abendmahlstisch und das fast raumhohe Holzkreuz gehören zur Originalausstattung. Am Boden vor der Kanzel befindet sich ein kreuzförmiger Kerzenständer, der die Osterkerze hält. Neben dem Kreuz ist in grossen gotischen Buchstaben ein Zitat aus dem Hebräerbrief angebracht: «Jesus Christus gestern und heute und derselbe auch in Ewigkeit.» (Hebräer 13,8). Auch diese Inschrift befindet sich seit Anfang in der Kirche.
Im Zuge der neuesten Innenrenovation wurde die verblasste Inschrift aufgefrischt, Schrift und Wortlaut blieben jedoch unverändert. Die Mitglieder der Kirchgemeinde hatten sich ausdrücklich für den Erhalt der Inschrift ausgesprochen. Kreuz und Inschrift bilden neben den Fenstern und den auffälligen Deckenleuchten einen weiteren Blickfang in dieser Kirche, die ansonsten schlicht und schmucklos daher kommt. Die reformierte Kirche Möhlin sei eine «von traditionellen, heimischen Formen ausgehende, zeittypisch karg gestaltete Minoritätskirche», würdigt die Kantonale Denkmalpflege den Bau.
Das weisse handgearbeitete Tuch auf dem Abendmahlstisch ist übrigens ein Geschenk der Partnergemeinde Ràckeve zur neuesten Innenrenovation der Kirche Möhlin. Mit den Glaubensgenossen aus der ungarischen Gemeinde südlich von Budapest pflegen die Möhliner Reformierten seit über 20 Jahren eine freundschaftliche Partnerschaft. Alle zwei Jahre findet ein Besuch in Möhlin beziehungsweise in Ràckeve statt. In den Jahren, in denen keine Reise stattfindet, wird ein spezieller Gottesdienst organisiert, in dem in Möhlin und in Ràckeve die gleichen Bibeltexte vorgelesen und die gleichen Lieder gesungen werden. Zudem organisieren die Möhliner Reformierten regelmässig zudem die «Friitigssuppe», deren Erlös der Partnergemeinde zukommt. Im Sommer 2015 reiste eine Delegation aus Ungarn ins Fricktal, um der Wiedereinweihung der reformierten Kirche beizuwohnen.
Das Kirchenzentrum ist im rechten Winkel direkt an die Kirche angebaut und kann sowohl vom Kirchenraum her als auch durch zwei separate Eingänge von der Jurastrasse und von der Kirchstrasse her betreten werden. Der Gemeindesaal wird rege genutzt, unter anderem finden hier die Versammlungen der Kirchgemeinde statt.