Das Innere
Der Grundriss der chorlosen, typisch protestantischen Saalkirche ist ein langgestrecktes Rechteck, das im östlichen Drittel Richtung Kanzel um zwei Stufen erhöht ist und sich dennoch als Einheit mit dem Schiff präsentiert. Die Stirnwand, seit 1903 mit der Kanzel und Kanzelaufgang versehen, wirkt durch den Turmeingang mit spätgotischem Rundbogen und den linksseitigen Kanzelaufgang einen asymmetrischen Ansicht, der durch die beiden, symmetrisch gesetzten Fenster mit den Glasmalereien von Paul Zehnder eingerahmt und abgeschlossen wird.
Die Flachdecke über Hohlkehle ist mit Rokokostukkaturen, teils auch von Bandornamenten durchsetzt. Sie wurde 1760 von Jakob Mäusburger gestaltet.
An der westlich gelegenen Gegenwand findet sich die eingebaute Empore mit Orgel und Orgelprospekt, die ursprünglich weniger weit ins Schiff hineinragte.
Die Ostwand der Stadtkirche mit Kanzel und Fenstern wirkt in sich geschlossen und bildet ein Gegengewicht zur Empore mit der Orgel.
1973 wurde die Orgel im bestehenden Prospekt durch ein neues Instrument ersetzt.
Die Ausstattung ist barock: Die Kanzel stammt von 1641, das Gestühl wurde um 1668 eingebaut. Der Taufstein von 1763 aus Marmor stammt vom Berner Möbelschreiner Mathäus Funk, der Abendmahlstisch um 1670 in Staffelegger Alabaster von Hans Henz.
Im Innern der Stadtkirche befinden sich drei Epitaphien und zwei Grabsteine: Die Epitaphien (Grabdenkmäler) für im zweiten Villmergerkrieg von 1712 gefallene bernische Offiziere Jean-Nicolas Quisard (1653–1712), Abraham Jenner (1670–1712) und Daniel Tscharner (1675–1712) bzw. weitere Grabdenkmäler für bernische Landvögte auf Lenzburg des 16.–18. Jahrhunderts; sie befinden sich an der Nordwand.
Das Sandstein-Epitaph von Daniel Tscharner ist plastisch aufwendig gestaltet und mit einem aufgemalten Baldachin zusätzlich geschmückt.
Über dem Südeingang findet sich eine Wappentafel des Magistrats von Lenzburg aus der Zeit des Kirchenbaus (1667).