Die Glasmalereien
Im schmucklosen, schlichten Kirchensaal der Gontenschwiler Kirche befinden sich heute acht Glasgemälde (Wappenscheiben) aus der Zeit des Neubaus von 1622 sowie vier künstlerisch ausgestaltete Chorfenster des 20. Jahrhunderts. Aus älterer Zeit hat sich einzig ein Glasgemäldefragment von 1576/77 erhalten. Die erwähnten acht Wappenscheiben schmückten bis 1957 die vier Chorfenster (Fenster Nr. 1–3 und 4). Anlässlich der Kirchenrenovation von 1957 wurden sie dann an ihren heutigen Standort versetzt, während die Chorfenster 1958 neue, monumentale Farbverglasungen des Beinwiler Künstlers Paul Eichenberger (1891–1984) erhielten. Ausführender Künstler für die Chorfenster war der Zürcher Glasmaler Heinrich Mäder (1895–1979). Ein weiteres Farbfenster (Fenster Nr. 4) von Paul Eichenberger gelangte 1973 in die Gontenschwiler Kirche.
Die historischen Wappenscheiben
Den historischen Teil der Glasmalerei machen acht Wappenscheiben von 1622 aus. Sie stammen allesamt aus der Werkstatt des Aarauer Künstlers Hans Ulrich I. Fisch (1583–1647) und wurden von der Berner Obrigkeit, der Stadt Lenzburg, der Kirchenbaukommission, lokalen Funktionsträgern und Privatpersonen gestiftet.
Die einzelnen Wappenscheiben:
(1) Scheibe des Gonteschwiler Pfarrherren Moser
(2) Scheibe des ehemaligen Grafschaftsuntervogts Kull von Niederlenz
(3) Stadtscheibe von Lenzburg
(4) Berner Standesscheibe
(5) Scheibe des Grafschaftsuntervogts Hilfiker
(6) Scheibe von zwei Lenzburger Stadtburgern (Familienwappen Hühnerwadel und Spengler)
(7) Scheibe der Kirchenbaukommission (Familienwappen Frei, Giger, Peter, Galliker)
(8) Scheibe des amtierenden Landvogts Freudenreich
Im Masswerk von Fenster Nr. 5 ist zudem noch ein altes Glasgemäldefragment zu finden, welches das Wappen der Berner Familie Gerber zeigt und wohl aus dem Jahr 1576 stammt.
Moderne Glaskunst – die Chorfenster
1957 wurden die acht Wappenscheiben der Chorfenster ausgebaut und in die Seitenfenster verlegt. Gleichzeitig erteilte die Kirchengemeinde dem Beinwiler Maler, Zeichner, Grafiker, Poeten und Musiker Paul Eichenberger (1891–1984) zunächst den Auftrag für drei Chorfenster (Fenster Nr. 1–3), 1973 schliesslich für ein weiteres Chorfenster (Fenster Nr. 4). Der renommierte Künstler hat neben Gontenschwil (1957/1973) auch Glaskunst für die Kirchen von Reinach AG (1955), Beinwil am See (1935), Niederlenz (1949), Reiden im Kanton Luzern (1938), Vordemwald und Steinmaur im Kanton Zürich (1952) geschaffen.